Надежные и безопасные платежные системы способствуют повышению стабильности финансовой системы государства в целом, обеспечивают эффективное использование финансовых ресурсов и улучшают ликвидность финансовых рынков, а также гарантируют своевременный расчет между продавцами и покупателями.
Система безналичных расчетов Казахстана, унаследованная от прежней централизованной плановой системы и поддерживаемая Государственным банком бывшего Советского Союза, не подходила для новых условий рыночной экономики. В связи с этим, Национальный Банк Республики Казахстан в 1991 году начал проведение реформы платежной системы.
На начальном этапе становления основными целями реформы платежных систем Республики Казахстан являлись ускорение прохождения платежей между банками и их клиентами (на начало 90-х годов срок прохождения одного платежа составлял 3-12 дней), а также более широкое внедрение в обращение различных платежных инструментов.
Первым шагом реформирования платежной системы явился перевод в 1991 году счетов межфилиальных оборотов коммерческих банков на корреспондентские счета, открытые в филиалах Национального Банка Республики Казахстан, что позволило упорядочить организацию межбанковских расчетов и обеспечить исполнение кассового обслуживания коммерческих банков.
В целях обеспечения межбанковских расчетов Национальным Банком в 1992 году были созданы расчетно-кассовые центры во всех районах, городах, городских районах областных центров и г. Алматы. К середине 1992 года функционировали 19 областных РКЦ и 274 районных РКЦ Национального Банка.
В 1993 году по мере готовности технических средств началось внедрение электронных платежей в расчетах между областями Казахстана в целях ускорения платежей, а также недопущения использования фиктивных авизо.
В 1995 году на базе Национального Банка была организована первая в Казахстане Алматинская клиринговая палата (АКП), которая работала по методу многостороннего взаимозачёта. Окончательные расчёты производились один раз в конце операционного дня по чистой позиции каждого участника.
В 1996 году АКП реорганизовалась в Казахстанский Центр Межбанковских Расчетов (КЦМР), в котором установлено современное оборудование и разработано программное обеспечение, позволяющее работать с электронными платежными поручениями, не требующими подтверждения на бумажных носителях. Это стало возможным после того, как в законодательстве Республики Казахстан была предусмотрена возможность осуществлять платежи электронным способом и закреплено понятие «электронное платежное поручение».
С целью развития рынка розничных платежей и улучшения качества предоставляемых услуг в этой сфере банковской деятельности Национальным Банком в 1999 году были закрыты клиринговые палаты при областных филиалах Национального Банка. В настоящее время клиринг розничных платежей осуществляет клиринговая система Корпорации.
11 марта 2021 года было зарегистрировано АО «Центр развития платежных и финансовых технологий Национального Банка Республики Казахстан». Предмет деятельности Общества – научно-исследовательская деятельность и разработка информационных систем в сфере платежных и финансовых технологий, машинного обучения и искусственного интеллекта для консультативной поддержки деятельности Национального Банка и его дочерних организаций. Основной целью Общества является создание и развитие научно-исследовательской экспертизы, а также прототипирование и реализация пилотных проектов в сфере финансовых и платежных технологий для Национального Банка и его дочерних организаций, в том числе, в сотрудничестве с ведущими международными исследовательскими центрами.
27 июля 2023 года было создано АО «Национальная платежная корпорация Национального Банка Республики Казахстан» в результате реорганизации Республиканского государственного предприятия на праве хозяйственного ведения «Казахстанский Центр Межбанковских Расчетов» путем его преобразования в АО «НПК» в соответствии с Постановлением Совета директоров Национального Банка Республики Казахстан.