Сенімді және қауіпсіз төлем жүйелері тұтастай алғанда мемлекеттің қаржы жүйесінің тұрақтылығын арттыруға ықпал етеді, қаржы ресурстарын тиімді пайдалануды қамтамасыз етеді және қаржы нарықтарының өтімділігін жақсартады, сондай-ақ сатушылар мен сатып алушылар арасындағы уақтылы есеп айырысуға кепілдік береді.
Бұрынғы орталықтандырылған жоспарлы жүйеден мұраға қалған және бұрынғы Кеңес Одағының Мемлекеттік банкі қолдайтын Қазақстанның қолма-қол ақшасыз есеп айырысу жүйесі нарықтық экономиканың жаңа жағдайларына сай келмеді. Осыған байланысты Қазақстан Республикасының Ұлттық Банкі 1991 жылы төлем жүйесіне реформа жүргізуді бастады.
Қазақстан Республикасының төлем жүйелерін реформалаудың бастапқы кезеңінде негізгі мақсаттары банктер мен олардың клиенттері арасындағы төлемдердің өтуін жеделдету (90-жылдардың басында бір төлемнен өту мерзімі 3-12 күнді құрады), сондай-ақ айналысқа әртүрлі төлем құралдарын неғұрлым кеңінен енгізу болып табылды.
Төлем жүйесін реформалаудың бірінші қадамы 1991 жылы коммерциялық банктердің филиаларалық айналымдарының шоттарын Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің филиалдарында ашылған корреспонденттік шоттарға аудару болды, бұл банкаралық есеп айырысуларды ұйымдастыруды ретке келтіруге және коммерциялық банктерге кассалық қызмет көрсетуді орындауды қамтамасыз етуге мүмкіндік берді.
Ұлттық Банк банкаралық есеп айырысуларды қамтамасыз ету мақсатында 1992 жылы барлық аудандарда, қалаларда, облыс орталықтарының қалалық аудандарында және Алматы қаласында есеп айырысу-касса орталықтарын құрды. 1992 жылдың ортасына қарай 19 облыстық РКО және Ұлттық Банктің 274 аудандық РКО жұмыс істеді.
1993 жылы техникалық құралдардың дайындығына қарай төлемдерді жеделдету, сондай-ақ жалған авизоларды пайдалануға жол бермеу мақсатында Қазақстан облыстары арасындағы есеп айырысуларда электрондық төлемдерді енгізу басталды.
1995 жылы Ұлттық Банк базасында Қазақстандағы алғашқы Алматы клиринг палатасы (АКП) ұйымдастырылды, ол көпжақты өзара есеп айырысу әдісі бойынша жұмыс істеді. Түпкілікті есептеулер операциялық күннің соңында әрбір қатысушының таза позициясы бойынша бір рет жүргізілді.
1996 жылы АКП қазіргі заманғы жабдықтар орнатылған және қағаз жеткізгіштерде растауды талап етпейтін электрондық төлем тапсырмаларымен жұмыс істеуге мүмкіндік беретін бағдарламалық қамтамасыз ету әзірленген Қазақстан банкаралық есеп айырысу орталығы (ҚБЕО) болып қайта ұйымдастырылды. Бұл Қазақстан Республикасының заңнамасында төлемдерді электрондық тәсілмен жүзеге асыру мүмкіндігі көзделгеннен және «электрондық төлем тапсырмасы» ұғымы бекітілгеннен кейін мүмкін болды.
Бөлшек төлемдер нарығын дамыту және банк қызметінің осы саласында көрсетілетін қызметтердің сапасын жақсарту мақсатында Ұлттық Банк 1999 жылы Ұлттық Банктің облыстық филиалдары жанындағы клирингтік палаталарды жапты. Қазіргі уақытта бөлшек сауда төлемдерінің клирингін Корпорацияның клиринг жүйесі жүзеге асырады.
2021 жылғы 11 наурызда «Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің Төлем және қаржы технологияларын дамыту орталығы» АҚ тіркелді. Қоғам қызметінің мәні – Ұлттық Банктің және оның еншілес ұйымдарының қызметін консультациялық қолдау үшін төлем және қаржы технологиялары, машинамен оқыту және жасанды интеллект салаларындағы ғылыми-зерттеу қызметі және ақпараттық жүйелерді әзірлеу. Қоғамның негізгі мақсаты ғылыми-зерттеу сараптамасын құру және дамыту, сондай-ақ Ұлттық Банк және оның еншілес ұйымдары үшін, оның ішінде жетекші халықаралық зерттеу орталықтарымен ынтымақтастықта қаржы және төлем технологиялары саласындағы пилоттық жобаларды прототиптеу және іске асыру болып табылады.
2023 жылғы 27 шілдеде «Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің Қазақстан банкаралық есеп айырысу орталығы» шаруашылық жүргізу құқығындағы республикалық мемлекеттік кәсіпорнын Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің Директорлар кеңесінің Қаулысына сәйкес қайта құру жолымен қайта ұйымдастыру нәтижесінде «Қазақстан Республикасы Ұлттық Банкінің Ұлттық төлем корпорациясы» АҚ құрылды.